1.领导信息化意识不强，投资不够。由于独立学院利用的是非国家财政性经费办学，领导们关心的重点是招生和就业，这才是学院的生命线，有了学生才有办学的资本，学院的生存才有保障。学院的信息化建设工作被列为非重点工作，二级网站建设则被认为是一件可有可无的事情，只要有学院的门户网站就行了，无论什么信息需要上网发布就往学院网站里填，绝不考虑其是否适合。比如某一班级搞了一次日常的主题班会，也被放在了学院网站的新闻中。独立学院办学资金相对比较紧张，争取到经费购买二级网站所需的软硬件设备和支付开发维护的费用是比较困难的。二级网站的建设作为高校信息化建设中的一项重要工作，在独立学院中遭遇到挫折。2.二级网站的制作水平高低不一。独立学院的二级网站制作途径五花八门，有的是专业公司制作的，有的是老师制作的，还有的是计算机专业的学生制作的；网站的美观和功能也大相径庭，有些网站主题鲜明、功能强大、内容丰富，有些则版面单调粗糙；各网站实现的技术也各不相同，有ASP、JSP、PHP、ASP.net等，后台数据库有Access、SQLServer、MySQL、Oracle等。这些网站后台管理系统很多是从网上下载的源代码或改编的，存在一定的漏洞，导致网站经常被攻击，还会连累放在同一服务器上的其他网站一同遭殃。3.二级网站的维护管理难度高。独立学院由于条件的限制，不可能每一个二级网站都有独立的服务器，通常采用的是由网络中心统一托管的模式。由于二级网站采用的技术不统一，服务器要配置多种应用程序才能满足需要，增加了管理的难度。由于开发人员的流动性高——老师调动，学生毕业，二级网站的开发没有遵循软件开发的规范，缺少必要的文档信息，造成网站运行维护困难。4.栏目设置不合理，信息缺乏安全性。很多二级网站设计初缺少合理的组织和规划，没有从网站的自身需要、对外提供的服务功能设置其栏目，而是仿照其他的网站随意设置，使得有些栏目信息更新滞后，有些甚至似乎变成静态网页，内容常年不变。独立学院人员相对紧缺，要求每一个二级网站配备一支信息化专业队伍是不可能的，基本上只有一个兼职管理员，这些人员的学历专业背景各不相同，工作的态度也不相同，又缺乏管理制度，导致网站上发布的信息的安全性、准确性、权威性得不到保证，有时甚至会出现一些非法信息。
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